A Enseada de San Simón é unha bacía sedimentaria costeira duns 8 km de lonxitude e 3,6 km de anchura máxima. Está comunicada coa parte media da ría polo estreito de Rande, duns 700 m de anchura, dándolle á enseada un aspecto de lago interior, franqueado e resgardado por unha serie de elevacións de entre 100 e 600 m de altitude, Porén, a altitude máxima no propio LIC é de 53 m, aínda que a media non supera o metro. Son varios os ríos e regos que desaugan nesta zona, sendo os máis importantes o río Verdugo-Oitavén e o Maceira-Alvedosa.
O primeiro desemboca no nordeste, entre Arcade e Ponte Sampaio; os segundos, forman un pequeno esteiro entre Redondela e Cesantes, a foz da Portela, no sueste da enseada. No fondo da enseada atópanse os restos dunha antiga salina (salinas de Casó), cuxa superficie está na actualidade case totalmente colonizada por vexetación halófila e atravesada polos regos de Tuimil e Villil. O terzo norte, augas a dentro da punta do Cabalo, constitúe a enseada de Vilaboa, que fica descuberta na súa maior parte durante a baixamar, incluíndo máis de 400 Ha de chairas intermareais limosas e areoso-limosas.
As augas da enseada son, en xeral, pouco profundas, non superando os 8 m de profundidade, salvo no contorno do estreito de Rande. Na alta mar a superficie da lámina de auga acada as 2.127 Ha e cobre, por tanto, a maior parte da cubeta, a excepción dalgunhas partes de marisma, pequenas masas boscosas e varios illotes rochosos (Alvedosa, San Simón, Lobeira, San Antón).
Hai 400 millóns de anos, diferentes movementos tectónicos na terra causaron fracturas no terreo hoxe coñecido como Galicia. Máis tarde, hai uns 140 millóns de anos, eses bloques da codia terrestre entre fracturas tamén se moveron - elevándose uns e afundindo outros.
A chuvia que caía sobre a terra corría segundo a forza da gravidade cara estes bloques afundidos. Durante os seguintes 120–130 millóns de anos, os ríos foron escarvando e labrando o relevo e formaron vales. Logo, hai 15.000 anos e despois da última idade de xeo, o nivel do mar subiu, e moitos destes vales foron asolagados, iniciándose desta maneira a formación das rías galegas.
Os ríos seguen vertendo auga e sedimentos na ría, dos cales a maioría quedan na propia enseada, e só uns poucos chegan aos fondo no mar aberto. De feito, a teórica evolución xeo-morfolóxica da enseada sería encherse pouco a pouco con ese material de enxurrada. Os diferentes hábitats que atopamos aquí hoxe son o testemuño deste lento proceso natural de enchente, colonización por plantas e conversión, logo de centos de miles de anos, en zona "terrestre". En conxunto sosteñen unha biodiversidade de importancia internacional.
